ゲームボーイアドバンスのCPUに使われているARM7TDMIを、サブCPUとして搭載することで、ゲームボーイアドバンス用ソフトとの互換性を実現しているものの、それまでの歴代ゲームボーイシリーズにあったZ80系のプロセッサは搭載していないため、ゲームボーイ（白黒）、ゲームボーイカラー用のソフトは使用できない。そのため、ゲームボーイアドバンスカートリッジスロットの内部には突起があり、ゲームボーイカラー以前のカートリッジを物理的に挿入できない構造になっている。
また、ゲームボーイアドバンスにあった通信コネクタが装備されていないため、ゲームボーイアドバンス用ソフトの通信機能は使うことができない。同様に、ゲームボーイアドバンス用の周辺機器も基本的には使用できない。DSのワイヤレス通信はゲームボーイアドバンス専用ワイヤレスアダプタとは通信の規格が異なるため、アドバンス用ソフトのワイヤレスプレイも不可能。
ライセンス商品では充電端子に接続するゲームボーイアドバンスSP用のACアダプタとヘッドホン変換プラグ、そしてゲームボーイアドバンススロットに挿入する『PLAY-YAN micro』や『プレイやん』、『カードeリーダー（旧型）』のみが使用可能。DS Liteのみ『カードeリーダー+』も使用できるが、通信機能は使えない。ニンテンドーDS本体には通常のヘッドホン端子があるので、ニンテンドーDSではACアダプタ用の端子にゲームボーイアドバンスSP用変換プラグを経由して接続したヘッドホンと併用することも可能。説明書でも本体にヘッドホンのプラグが上手く刺さらない場合はゲームボーイアドバンスSP用変換プラグを使用するように記載されている。 また、変換プラグとＤＳ本体のヘッドフォン端子に同時につないでも音はでるが、多少音量が小さくなる。
なお、新型機のニンテンドーDS Liteでは、ACアダプタのプラグ形状が異なるため、その端子を用いる機器は使用不可となっている。
