購入後、すぐにインターネットオークションなどで大量に出品し、倍程度の価格で転売する者も多く現れた。クリスマス商戦期ではインターネットオークションでは20,000円を超えていた時もあり、これらの転売のほかにもDSソフトとの抱き合わせ商法やプレミア価格と称した価格高騰が数多く見られている。
海外向けの本体を輸入して、日本向け製品より若干高い価格で販売している例が一部のゲームショップでみられる。北米や欧州向け製品は、設定を変えれば日本語表示が可能であり、ゲームの動作にも制限はないが、国内の任天堂による保証やサポートはなく、万一故障が発生した場合に、日本国内でも修理は受け付けてくれるものの、保証期限の内外問わず有償修理となり、シリアルナンバーを含めたハウジング部分や、 BIOS部分が含まれるCPU基板等が、日本市場用の部品と交換されるケースがある。
品薄は徐々に改善され、2008年3月現在、おおよそは店頭で常時購入可能な状態になりつつある。ただしそれでも、店によっては人気のある本体色の店頭在庫が無かったり、1人当たり1台の購入制限が設けられたり、あるいは定価より高値で販売されたりするケースもまだまだ多い。
