従来のDSが前年末から慢性的な品不足状態にあったこともあり、ニンテンドーDS Liteも発売開始当初から品薄状態が続いた。「任天堂は意図的に出荷調整や品薄商法などを行っているのでは」と誤解されることがあるが、任天堂は毎週工場から出荷できる限りの数のDS Lite本体を市場に出荷している。
任天堂では「2006年3月期のDS Liteの出荷量を45万台とする」と発表、DSソフトの『Touch! Generations』シリーズの一部を4月下旬まで延期し、需要の拡大による混乱を防ごうと対策を取った。
その後、大型家電量販店などに大量にDS Liteを出荷するものの、入荷して即完売という状態が1年以上にも亘り続いた。 なお、2006年3月1週から2007年9月1週まで週の販売台数は10万台～60万台で推移。その間10万台を切る事は一度も無かったという。この10万台という数字はプレイステーション・ポータブルの年末年始時の週販売台数に匹敵する。
