Wiiという名称は、英語のwe（私たち）をイメージして「家族の誰もが楽しめる」というコンセプトを表し、iiは独特の形状のコントローラと、人々が集まるさまをイメージしたものである。他にもフランス語のOui（はい）とも発音が似ており、肯定的な意味が含まれている。
この名称が公開された当初は、前世代機の「ゲームキューブ」からの名前の変わりように賛否両論が起こった。しかし、発売される頃には、その論議も落ち着いた。なお、NOA社長であるレジナルド・フィサメィは2006年のE3において、この名称について「LEXUSやACURAなどの名称も最初は賛否両論があったが、今は受け入れられている。Wiiも最初はおかしいと思うかもしれないが、人々に浸透するに従って受け入れられるだろう」といった趣旨の発言をしている。
サードパーティソフトのテレビCMや店頭のポスターなどでは、ニンテンドーWii、任天堂Wiiと表記されていることもある。
開発コードネーム「Revolution」にも専用のロゴが用意されていた。「o」の文字がディスクの形をしており、「v」の後の「o」は大きく、「i」の後の「o」は小さい形をしている。これはそれぞれ、Wii用の12cmディスクと、ゲームキューブ用の8cmディスクを表しており、互換性をアピールしていた。
