Wii内蔵のフラッシュメモリは容量が512MBしかなく、加えてユーザー側で自由に使用できる容量はそのうちの一部でしかないため、NINTENDO64やPCエンジンのCD-ROM2、SUPER CD-ROM2、ネオジオといった大容量のバーチャルコンソール用ソフトや、Wiiウェア用ソフト、Wiiチャンネルを複数ダウンロードすると、かなり早い段階で容量が足りなくなります。一部のデータは、SDメモリーカードにバックアップが可能だが、SDメモリーカード内のデータを直接起動はできない。そのため、ユーザーの中には外付けのハードディスクドライブやUSBメモリの発売、あるいはSDメモリーカードからの直接起動など、内蔵メモリの拡張を望む声も多い。
しかし、米国任天堂はそういった意見に対し、『その必要性はない。容量が足りなくなれば消して、また遊びたくなったら再ダウンロードすればいい。音楽におけるiPodのように、必要なゲームだけ入れておけばいい。Wiiウェアのソフトも容量が小さいため大丈夫』と、この可能性を否定するコメントを出している。
一方で
・「無償であるとはいえ、再ダウンロードする手間そのものが面倒である」
・「必要なゲームだけ入れておくにしても、現在の容量ではあまりにも少なすぎる」
とする意見も存在し、岩田社長はこれらの意見に対し、「統計的に見ると、足りないと感じているユーザーより、スペースに余裕があるユーザーの方が多いが、最も熱心なユーザーにそのように不満を感じられているので、最善の方法を考えなければいけないと思う。」と述べている。なお、Wiiウェアのソフトは、このメモリ容量の問題により、1タイトルあたり最大で40MBまでという規定が設けられている。
また、桜井政博は「大乱闘スマッシュブラザーズX」において、追加キャラクターなどのネット配信ができない理由として、Wiiにハードディスクドライブが搭載されていないことを挙げている。
