インターネットに接続し、本体設定内の「本体の更新」を選択するか、新たなWii本体の更新が配信された際に、任天堂より送られてくるお知らせメッセージ内の「更新」ボタンを選択すると、アップデート作業が開始されます。なお、バージョン表記のない本体においては、初回インターネット接続時に、自動的にアップデート作業が開始されます（Ver.2.0J以降はアップデートするか任意で選択できる）。『Wiiショッピングチャンネル』でダウンロードしたWiiチャンネルがアップデートされた場合は、Wii本体のアップデート完了後にさらに『Wiiショッピングチャンネル』でそのチャンネルの最新版をダウンロードする必要があります。
2006年12月2日配信開始分
・Wiiメニュー
各チャンネルの並び順の変更が可能になる。
・Wiiチャンネル
写真チャンネルにおいて、スライドショー設定の「曲を選ぶ」の項目内に「すべてのMP3」が追加される。
・Wiiオプション
Wiiに記録されたデータやチャンネル（一部不可）をSDメモリーカードにコピーする機能が追加される。
・「本体機能の更新」が追加される。
・インターネットの設定でプロキシの設定が可能になる。
・データ管理にチャンネルの削除機能が追加される。
Ver.3.2J（最新版）
2008年2月26日配信開始分
・Wii本体のシステムやチャンネル機能の更新データを持つディスクが挿入されると、Wiiメニューの『ディスクドライブチャンネル』に本体更新アイコンが表示されるようになる。
2008年3月20日配信開始分（ただし以下の変更項目が有効になるのは2008年3月25日より）
・Wiiショッピングチャンネル
・Wiiウェア用ソフトの配信に対応する。
・「Wii専用ソフト」の項目が廃止され、「Wiiウェア」と「Wiiチャンネル」の2つの項目が追加される。
・Wiiショッピングチャンネルの説明書の内容が一部改訂される。
Wii専用ソフトによるアップデート
・Wii専用ソフトによるアップデート向けの更新プログラムは、一般のゲームソフトに内蔵する方式で配布されており、対象ソフトを起動した時に、Wii本体に追加する更新プログラムがある場合のみ自動的にアップデートが開始される。なお、Wii専用ソフトのみに含まれている更新プログラムもあるので、インターネットによるアップデートを利用して最新バージョンになっているWii本体でも、アップデートが開始されることがある。
